Jaki dokładnie problem powoduje takie tagowanie?

Hmm, ale czemu nie? Jeżeli są razem w rzeczywistości..

Вы пытаетесь подогнать данные под конкретный движок (движки), это неправильно - osm.wiki/Tagging_for_the_renderer
Перевал и седловина в общем случае - разные вещи.

То, что оно где-то нарисовано ошибочно - не повод ботом править всё.
Нужно исправлять конкретные картостили (кстати mapy.cz tourist показывает mountain_pass=yes - и скорее она "основная для туристов") и/или добавлять нужный тег для конкретных перевалов.

Вы сами справитесь с откатом?

also please connect natural=ridge lines, don't leave the gaps

please don't duplicate the existing lines:
way/1474948011#map=15/42.45752/79.61027&layers=C is a duplicate of
way/1474745848#map=13/42.48100/79.55579&layers=C

node/5605661234 - вот этот перевал не является седловиной.

Такие изменения необходимо делать вручную, проверяя каждый перевал, а такую автоматическую смену везде и всюду надо откатить.

2031 точка изменена. Mapnik нормально отображает перевал без nautural=saddle, так что это выглядит как попытка подогнать данные под какой-то конкретный картостиль/движок..
Может лучше его поправить?

А точно все они расположены на седловине?

Also, please don't add tags with default values (like tidal=no for way/563699048/), they just clutter the database, not bringing any benefit

Also, please don't add name=Tarn (way/1491694643) - name tag is meant to be used for names, not descriptions (see name=*)

Also, if you're adding natural=peak, please connect them to the existing natural=ridge lines

please don't duplicate existing date (e.g. node/13670627541#map=19/42.222997/79.416362 is a duplicate of an already present natural=peak)

Точно тут? Перевал Шилун (и одноимённая река) находится восточнее

разрыв линии хребта ломает топологическую связность - если из этого делать хребтовку, то будет непонятно, что это такое.

скорее обрыв для арыка поверх хребта стоит рисовать

Арык может.. или так стеккает с хребта сверху

Там по рельефу есть седловина, плюс на ГШ есть и седловина и даже название подписано

Please don't add natural=peak to mountain_pass=yes, those are different entities
node/5605661199/history#map=19/42.228654/79.561299

Please don't add natural=peak to mountain passes, those are completely different entities.
Please don't disconnect natural=peak from the natural=ridge, the former are part of the latter (with some minor exceptions, of course)

also, I'd suggest preserving the ways with tags like 'was:bridge=yes' (and probably check_date=dd/mm/yy) - otherwise it's hard to find the info in the history and, since those bridges are visible on the satellite images, someone might add them again

do you have a link to their (MChS) statement perhaps?

https://tinypic.host/image/3yE02